北京市长安中学成立于1999年。随着西城区教育布局的调整，西城区教育局将仅有一墙之隔的原北京市第六中学和原北京市第二十八中学合并，整合了两所学校的教育教学资源，形成了一所规模较大、具有较高办学标准的完全中学——北京市长安中学。2000年9月1日，时任北京市市长刘淇同志(原北京六中毕业生)在时任副区长胡红星同志的陪同下，到长安中学参加了开学典礼，并参观了古老的升平署戏楼和学校典雅的环境。
学校地处北京市中心区域，西接中南海，东临天安门，南望人民大会堂。合校之初，学校领导就制定了“创办窗口学校”的远景目标。学校积极探索教育教学改革，办学质量得到稳步提高。学校努力创造让学生施展才华的机会，力争让每一个学生都能得到全面发展。学校是国家体育总局独轮车运动培训指导中心;北京市棋类(围棋、中国象棋、国际象棋)定点学校;北京市青少年书法教育基地。此外，学校还建有学生管乐团，聘请专家指导，每年有多名学生通过等级考试。学校重视对外交流，每年都接待数批日本、美国、加拿大等国学生来学校访问交流，每年组织学生出国见学。
2003年，在西城区教委的大力支持下，投资6000万元对校舍进行全面翻修改建，学校高、初中学生分别迁至地处月坛和西直门的两处教学点就读。2004年夏，新校舍改建完成，形成了一所具有古韵的仿古风格的花园式校园，建成之初就被评为“北京市花园式单位”。
2004年，西城区教育布局再次调整，将长安中学并入市重点中学北京一六一中学。