通州区第二中学为北京市首批完全中学。前身为建于1904年的通州女童蒙馆，由美国基督教会公理会海外布道会传教士富善慕柯在学道院基础上改办。1905年该校名为富育女子学校。著名校友有李德全、杨崇德。1927年学校改称私立富育女子中学。1951年7月为河北省任命政府接管，改名为河北省立通县女子初级中学。1959年起兼收男生。1960年改称北京通县第二中学。1974年增设高中部。
学校校园占地3.13公顷。建筑面积11946平方米，主要有建于1929年的硬山调大脊式教学楼、1985年建的教学楼和2001年建的3座西洋式小楼。图书馆藏书4万余册。电化教育设备齐全。
现有教学班初中42个，高中18个，学生总计3000人。教职工172人，其中专职教师110人。教师中有高级职称的30人，硕士课程结业者12人，有大专以上学历102人。1988年以来，学校先后举办了声乐班、合唱团、管乐团、舞蹈队、美术书法小组及各种球类、田径队。90年代以来，在多项美育类竞赛中获市级奖16项，向艺术院校输送了57名学生。
自1990年，在高三年级设高考班和职业培训班。职业培训班学生通过高中会考和培训考核，发给高中学历和职业等级双证书。先后开设文秘、商贸等9个专业，对口输送了613名双证书毕业生。1995年与北京市房地产职工大学合办大专班，为首都古建筑业培养了117人。1992年，被北京市教育局命名为“全面育人，办有特色”学校和北京市美育工作先进集体。1987年起参加国家教委重点教育科研项目“中小学生心理能力发展与培养”实验。学校是联合国教科文组织在北京进行“创业教育”的实验校之一，教学学科承担北京市科教所“初中数学建构模式教改实验”。
1988年以来，学校先后举办了声乐班、合唱团、管乐队、舞蹈队、美术书法小组及各种球类、田径队，在多项美育类竞赛中获奖。1992年被北京市教育局命名为“全面育人，办有特色”学校和“北京市美育先进集体”、“电化教育先进校”。2003年通过北京市中学规范化建设验收。多年来学校初中毕业生考入市、区重点高中的学生数量始终位于全区第一。